いらっしゃいませ低燃費少女さん、書き込みありがとうございます！

これは、なかなかすっきりお答えするのが難しいご質問ですが(笑)
単純に「トーンを貼る」機能のことを考えたら、私はコミスタのトーンの方が使いやすい点が多いのではないかと思っています。

コミスタのトーンはトーンの種類の数だけレイヤーが必要になるので、その点をデメリットと感じる人もいますが、その他の、貼り足しが簡単、貼った後から柄の移動が可能、貼ったトーンを他の種類に変更するのが簡単、リサイズに強い、などの特徴はかなりのメリットです。
パワートーンは、ご存じのように一枚のレイヤーに全種類のトーンを貼ることも可能なので、レイヤーをなるべく増やしたくない人はやっぱりその点が大きいみたいです。
以前は、その他柄の回転がコミスタトーンよりやりやすかったり、パワートーンでしか使えないトーンが、うちのサイトでも配布しているようにフリーを含めかなりの数あったりしたのですが、これは最近のコミスタのバージョンアップで、トーン柄の回転も好きなところに中心点がとれるようになりましたし、パワートーンのトーンファイル（.tdt）をコミスタトーンに変換するコンバータがついたりして、「パワートーンじゃなければ」という点はますます少なくなって来ました。
現在もコミスタで主にトーン作業にパワートーンを使っている人の多くは「昔からこれを使いなれているから」というのが一番大きい理由なんじゃないかと思います。

なんで、現在こんなややこしい形でコミスタに「パワートーン」が組み込まれているかといいますと、これはデジコミソフトの歴史と大人の事情(笑)に関係しています。
「パワートーン」というのは、元々フォトショップ用のプラグインソフトで、コミスタより前からある最も古いデジコミ用ソフトの一つです。当時は「モード」というセルシスとは違う会社で作られていました。
当時としてはかなり画期的で使いやすく、ファンも多かったです。私もフォトショップのパワートーンはかなりのヘビーユーザー？でした。
その後コミスタが発売され、しばらくしてセルシスとモードが提携して、コミスタにも「パワートーン」機能がつくようになりました。このパワートーン機能は、当時から今までほとんど変わってません（ちょっとだけ機能アップした点もありますが）。フォトショップ版と比べると、かなり機能に制限があってあまり使いやすいとは言えないんですが、当時はコミスタトーンも今より使いにくい点があったりパワートーンでしか使えないトーンも多かったので、「トーン機能」としてはお互いを補う感じではありました。
でも、その後パワートーンの「モード」という会社はなくなってしまって、「パワートーン」はセルシスが引き受けることになったんですよ。
そんな経緯で、「パワートーン」機能は、もともとセルシスのコミスタにあった機能ではないので、セルシス的にはもうコミスタのパワートーン機能を改良する気はあんまりないんじゃないかという感じなんですが(笑)。というかコミスタトーンの方は当時から比べてかなり改良になってますし「コミスタでパワートーンはもうなくてもいいんじゃない？」と思ってるんじゃないかと思うんですが。
でも、Mac版のコミスタ4で、フィルタからパワートーンを削ったらかなり不評だったみたいで、また追加になったようですね。

私個人の感想としては、パワートーンフォトショップ版で便利だった機能はコミスタ版にはないし、わざわざコミスタ上でパワートーンを使わなくてもいいかなあという感じです。
ただ、この辺の感覚は人によっても違いますし、作業としてやっぱりパワートーンの方がなじむ、という人もいるんだと思います。選択肢は、ないより多い方がいいですしね。
…なんか長々語ってしまいましたが(笑)、ご参考になさって下さいー。

御回答有難うございます。
大人の事情という部分が大きいのですね。(笑)

私は思考が柔軟ではないので何かに納得しないと次に進めないのです。
コミスタはとても画期的なソフトだと思いますが使っていくうちに、
「なんとなく理にかなっていないような」ややこしさを感じる部分があります。
それがこのトーンを貼るツールが二種類備わっていることだったりします。
(もっとマニュアルで説明して欲しかった・・・)

まずはコミスタ標準のトーンを使いこなすことに努力したいと思います。
とても参考になりました。
ご多忙中の中、誠に有難うございました。